Stereomikroskope lassen sich grob in zwei grundlegende Familien einteilen, die jeweils sowohl positive als auch negative Merkmale aufweisen. Das älteste Stereomikroskopsystem, das nach seinem Erfinder Greenough benannt ist, verwendet zwei Körperröhren, die zur Erzeugung des Stereoeffekts geneigt sind.Ein neueres System, das so genannte gemeinsame Hauptobjektiv, verwendet ein einziges großes Objektiv, das von einem Paar Okulartuben und Linsensystemen gemeinsam genutzt wird. Beide Mikroskoptypen können mit stufenförmigen Einzellinsen zur Veränderung der Vergrößerung oder mit einem stufenlosen Zoom-Vergrößerungssystem ausgestattet werden.Das Hauptmerkmal von Stereomikroskopen ist die Tatsache, dass sie zwei getrennte Lichtwege enthalten, wobei jeder der Lichtwege einen anderen Betrachtungswinkel bietet. Dadurch erhält der Benutzer dreidimensionale Bilder des zu untersuchenden Objekts. Dies macht es zum idealen Werkzeug für die Betrachtung der äußeren Merkmale von relativ großen Objekten/Präparaten, die Sezierung biologischer Präparate sowie die Reparatur von Leiterplatten usw.