Die Band wurde am 20. Januar 1966 von Kölner Studenten zunächst als Politkabarett gegründet. Die Band stammte aus der Kölner APO um den SDS, ihre politische Ausrichtung veränderte sich über die Jahre hinweg zu einer klar dialektisch-marxistischen Position. Unabhängig voneinander traten die Mitglieder der Band zwischen 1970 und 1973 in die DKP ein. Am 6. September 1970 trat die Gruppe beim Fehmarn-Festival nach Jimi Hendrix auf; dies war dessen letzter Auftritt. 1973 trat Floh de Cologne als musikalischer Teil einer westdeutschen Abordnung bei den X. Weltfestspielen der Jugend in Ost-Berlin auf. Ab 1980 waren Teile der Band (Vridolin Enxing als Vorsitzender) aktiv bei Rock gegen Rechts; im selben Jahr erhielt die Gruppe den Deutschen Kleinkunstpreis zusammen mit Gerhard Polt.Nach über 3000 Konzerten in Deutschland und Europa löste Floh de Cologne sich im Mai 1983 nach einer Abschiedstournee auf. Das Abschiedskonzert in der Kölner Sporthalle hatte 6000 Zuschauer und dauerte 14 Stunden unter der Beteiligung zahlreicher Musiker wie Hannes Wader, Dieter Süverkrüp, Franz-Josef Degenhardt, Hanns-Dieter Hüsch, Die 3 Tornados, BAP und Ina Deter. 2023 erhielt die Band von der Stadt Köln den Holger-Czukay-Ehrenpreis für ihr lebenslanges künstlerisches Wirken.
Mit der Kantate für Rockband „Mumien“ reagierte die Band 1974 auf den Putsch in Chile 1973, unter anderem mit einer Vertonung der letzten Rede des gestürzten Präsidenten Salvador Allende. Im selben Jahr erarbeitete die Gruppe zusammen mit Hans Werner Henze alternative Vertonungen des Chilelieds (Dieser chilenische Sommer war süß; 1974), Text: Rudi Bergmann (* 1950), Uraufführung war am 31. Mai 1974 in Essen (Grugahalle: Gedenkkonzert für Víctor Jara, zugleich Solidaritätsveranstaltung für den Widerstand in Chile).
„Mumien“ wurde bisher nicht auf Vinyl wiederveröffentlicht und die einzige CD-Version (zusammen mit dem Album „Vietnam“) stammt aus dem Jahr 1995.