Gabriel verlässt Rio, um zu seiner Schwester Isabella nach Deutschland zu ziehen. In Hamburg läuft für ihn zunächst alles nach Plan: Er findet Arbeit in einer IT-Firma und verliebt sich. Doch dann verschwindet er spurlos. Für Isabella beginnt eine verzweifelte Suche in einem Land, das ihr immer fremder wird.
Zur gleichen Zeit versucht der Pfleger Fabio, sein unauffälliges Leben weiterzuführen, bis er nicht mehr ignorieren kann, was in seinem Gästezimmer liegt: eine seit Monaten verwesende Leiche.

Den Fakten treu, gleichzeitig zutiefst menschlich, rekonstruiert Alexander Rupflin die erschütternden Details eines Verbrechens. Er gibt den Angehörigen eine Stimme und taucht in das Selbstbild eines Täters ein, der noch immer seine Unschuld beteuert.

»Protokoll eines Verschwindens« ist eine Geschichte vom Streben nach Glück, der Suche nach Wahrheit, dem Gefühl der Verlorenheit und den Abgründen unserer Triebe.